GEDmatch – dalsza analiza DNA

Kiedy zrobiliśmy już nasz pierwszy test DNA wtedy mamy parę możliwości dalszej analizy naszych danych. Jedną z takich możliwości jest GEDmatch.GEDmatch to projekt dzięki, któremu możemy analizować nasze autosomalne DNA. Dzięki niemu mamy dostęp do paru ciekawych narzędzi, które opiszę w tym artykule.
Na wstępie muszę zaznaczyć, że korzystanie z podstawowych funkcji jest bezpłatne. Może wykupić dostęp do dodatkowych narzędzi, ale o tym opowiem innym razem.

Po rejestracji, którą musimy jeszcze potwierdzić za pomocą kodu, który dostaniemy na maila, nasze kroki powinniśmy skierować do działu File Uploads. Jeszcze wcześniej jeśli chcemy dowiedzieć jak korzystać z GEDmatch możemy odwiedzić dział Learn More gdzie dowiemy się jak się odnaleźć w GEDmatch. Załóżmy, że już wszystko wiemy i pora załadować plik z surowymi danymi (jak go zdobyć pisałem o tym tutaj). Mamy do wyboru dwie możliwości w zależności w jakiej firmie robiliśmy badania. Klienci 23andMe mają możliwość skorzystania z szybkiej i łatwiej integracji. Pozostałe firmy wymagają nieco więcej wysiłku.    Po kliknięciu Generic Upload FAST musimy wypełnić krótki formularz i wybrać lokalizację naszego pliku. Na górze strony są również dostępne instrukcje jak pobrać nasze pliki raw z surowymi danymi.
Po pomyślnym wgraniu naszego pliku możemy zacząć korzystanie z GEDmatch. Niestety do pełnej funkcjonalności musimy poczekać ok 24h.
Zasadnicza część GEDmatch to DNA raw data oraz Genealogy. Pierwsze to wszystkie działania związane z naszym DNA, a drugie to działania z plikiem GEDCOM czyli z tradycyjnym drzewem genealogicznym, które też możemy wgrać.


Zaczniemy od DNA raw data:


‚One-to-many’ matches
Tutaj możemy swoje DNA porównać z DNA innych ludzi.

‚One-to-one’ compare
Porównanie naszego DNA tylko z jedną osobą.
X ‚One-to-one’
Porównanie chromosomów X tylko z jedną osobą
Admixture (heritage)
Tutaj możemy za pomocą odpowiednich kalkulatorów zobaczyć ile mamy procent DNA typowego dla danej populacji.
Admixture/Oracle with
Population Search
Tutaj możemy odszukać DNA ze względu na populację w jakiej występuje określona domieszka DNA.
Phasing
Niezwykle cenne narzędzie polegające na rozdzieleniu naszego DNA na to od ojca i to od matki. Dzięki temu nasze poszukiwania są łatwiejsze, a przede wszystkim szybsze, bo nie musimy tracić czasu zastanawiając się czy dane dopasowanie będzie od strony matycznej czy ojczystej.
People who match one

or both of 2 kits
Przydatne narzędzie dzięki temu odszukamy ludzi którzy mają wspólne DNA z nami i jeszcze jedną osobą.
Predict Eye Color
Dzięki DNA możemy także przewidzieć/odczytać kolor oczu
Are your parents related?
To narzędzie sprawdza czy rodzice osoby testowanej nie są ze sobą spokrewnieni
3D Chromosome Browser
Narzędzie służy do porównywania segementów 10 osób z nami oraz z tymi osobami nawzajem. Rezultaty otrzymujemy w formie tabeli oraz modelu 3D.
Archaic DNA matches
Dzięki temu narzędziu porównamy nasze DNA z dostępnym w bazie DNA starożytnym oraz archaicznym.
Multiple Kit Analysis 
Analiza aż 50 zestawów DNA. Jest to potężne narzędzie, które pozwala nam dane analizować na różne sposoby.
DNA File Diagnostic Utility
Narzędzie pozwalające sprawdzić czy nasz plik nie jest uszkodzony

 

Następnie przechodzimy do działu Genealogy (należy wcześniej wgrać plik GEDCOM):


1 GEDCOM to all
Wyszukiwania osób, które występują w naszym drzewie oraz drzewach innych użytkowników
2 GEDCOMs
Porównanie dwóch drzew
Search all GEDCOMs Revised
Zaawansowane wyszukiwanie konkretnej osoby
GEDCOM + DNA matches
Wyszukiwanie za pomocą DNA i GEDCOM.

Na tym zakończymy wstępny opis poszczególnych funkcji jakie umożliwia nam GEDmatch. Już niebawem będziecie mogli przeczytać nieco więcej o tym, a także dowiedzieć się o funkcjach płatnych i ich możliwościach.