Test DNA Whole Genome Sequencing od DANTE LABS
Zrobiłem chyba wszystkie testy DNA wiodących na rynku firm. Wyjątkiem był test WGS (Whole Genome Sequencing Test ). Miałem wprawdzie zrobiony już wcześniej test BigY, który jest nieco zbliżony, ale jednak WGS to test badający cały genom poprzez sekwencjonowanie.
Szczerze mówiąc wydałem już tyle pieniędzy na testy, że nie myślałem o kolejnych. Nie mniej jednak 26 grudnia 2019 roku wpadłem na szatański pomysł. Napisałem maila do włoskiej firmy Dante Labs. Zaproponowałem, że napiszę artykuł o firmie i o ich teście. Mail wysłałem i zupełnie o tym zapomniałem. 13 lutego otrzymałem maila z informacją o tym, że się cieszą, że chcę napisać o firmie i dają mi za free test żebym mógł opisać co i jak.
Nie jest to artykuł sponsorowany, ale chcę żebyście wiedzieli na jakich zasadach go piszę. Nie stosuję tu żadnej taryfy ulgowej.
14 lutego złożyłem zamówienie na test.
17 lutego test przyszedł do mnie (laboratorium jest we Włoszech). Tego samego dnia test odesłałem.
19 marca otrzymałem wyniki. Trochę ponad miesiąc im to zajęło, a deklarują, że sama analiza może potrwać do 8 tygodni.
Zamawiamy test na stronie Dante Labs. Jest to włoskie laboratorium, co jest istotne ponieważ większość wiodących firm ma swoje laboratoria poza Europą. Po trzech dniach powinien być u nas. Dostaniemy niewielkie pudełko. W środku mamy instrukcje, zestaw do oddania śliny wraz z płynem, który zabezpiecza materiał DNA.
Generalnie na rynku mamy dwa rodzaje testów DNA pod względem oddania materiału genetycznego. Pierwszy sposób to wymaz z jamy ustnej poprzez pocieranie wewnętrznej strony policzka. Drugi sposób to plucie do fiolki. Testy DNA od Dante Labs korzystają z drugiego sposobu. Szczerze mówiąc wolę sposób pierwszy, ale to już kwestia gustu.
Po napluciu do fiolki należy wszystko szczelnie zamknąć i wymieszać razem z załączonym płynem. Robimy jeszcze zdjęcie fiolki na której znajduje się kod, który należy zarejestrować na stronie i możemy wszystko odesłać do laboratorium. Testy należy włożyć do dołączonej koperty i zamówić kuriera. Koszt wysyłki jest już wliczony w cenę.
Teraz wystarczy poczekać parę tygodni. Teoretycznie wyniki powinny być po 8 tygodniach. Słyszałem, że bywa z tym różnie, ale tak jak napisałem wcześniej, u mnie trwało to bardzo szybko.
W panelu użytkownika możemy obserwować proces badania naszej próbki. Potem mamy do dyspozycji parę raportów: zdrowia, odżywiania, sprawności fizycznej i reakcji na leki.
Dalej możemy się pobawić swoim genomem w DNA Explorer.
Najważniejsza część to pliki zawierające nasz genom. Trzeba wejść
w zakładkę z raportami i na dole mamy bibliotekę plików raw.
Te które musimy ściągnąć na dysk to BAM, BAM (BAI), FASTQ R1, FASTQ R2.
Następnie jakość naszych plików możemy sprawdzić np. tutaj: https://bam.iobio.io/home
Klikając ” local bam/cram file ” trzeba wybrać dwa pliki na raz BAM i BAM (BAI). Należy poczekać, aż program skończy analizę i jeszcze nacisnąć niebieską strzałkę po prawej stronie na górze. Wtedy analiza zostanie pogłębiona.
Powyższa ilustracja pokazuje moje wyniki. Jest nieźle jeśli chodzi o jakość pliku. Lepiej mogłoby być jeśli chodzi o „mapped reads”. Mogłoby być ponad 90%. Otrzymałem informację, że mój materiał genetyczny był lekko zanieczyszczony bakteriami (nie mam pojęcia jakim cudem). Pewnie gdyby to był mój pierwszy test to chciałbym coś z tym coś zrobić. Teraz ograniczyłem się jedynie do zapytania czy można coś z tym zrobić. Odpowiedź była negatywna, ale za to otrzymana tego samego dnia;) Nie mamy gwarancji jakiejś określonej wartości dla „mapped reads”, więc nie ma co dyskutować.
Kolejny test jakości to program FQSUM.
Ten program trzeba ściągnąć na dysk. Najlepiej stworzyć osobny folder (np. c:\WGS\). Ważne żeby programy i pliki nie były w żadnym systemowym folderze. Do programu FQSUM wrzucamy (przeciągając do okna) pliki FASTQ R1, FASTQ R2.
Na wynik musimy trochę poczekać. Prawidłowy wynik to ten powyżej 90.
Na koniec ściągamy program WGS Extract
Ważne żeby określić folder gdzie będą zapisywane pliki (output directory).
W WGS Extract możemy przygotować sobie plik z DNA autosomalnym, mtDNA, a także YDNA, które potem możemy wyeksportować do różnych baz (FTDNA, MyHeritage, YFull). W samym programie możemy także dowiedzieć się jaka jest nasza haplogrupa oraz mitochondrialne DNA.
Gdybym zaczynał moją przygodę z DNA to zainwestowałbym w testy od Dante Labs. Zwłaszcza badając mężczyzn. Chociaż na temat firmy i testu krążą w Internecie różne opinie to cały proces przebiegł u mnie wzorcowo i mogę z czystym sumieniem polecić test oraz firmę.
Teraz po wpisaniu kodu „WeWontStop” cena testu wynosi tylko 299 euro! Możesz go kupić tutaj.
